自清雍正以来，乐家老店同仁堂被钦定为“御药供奉”，至乐家第八代已声名大震。病家闻名纷纷求药，而日本浪人小野勾结在乐家长大的曹化伦，蓄谋夺走密方药谱。曹化伦盗方被老东家乐宏达撞见，行凶纵火，烧毁乐家细料药库；又勾结御药房白太监扣押御药银子，竟使老店雪上加霜，无钱制药，无药可售。王爷误以为乐家“拿搪”，一怒下令撤销乐家御药供奉，另行招标。面对内外交困，乐宏达老人为保住二百年老字号，毅然隔代传印，将堂印传给孙子乐宏达。乐宏达临危受命，在妻子徐瑞珍帮助下，以海底捞月之功，夺回御药供奉。并得到光绪皇帝的赐匾。曹化伦又怂恿王爷，下令老店不得在民间售药，只供宫廷。乐宏达体味到“进则为良相，退则为良医”，“进而济世，退而济民”，“抗旨”卖药。乐宏达力助孙子，利用大总管李莲英的病情，一药回天。西太后终于开禁。流落北京被乐家收留的女伶丛玉珠，暗恋乐宏达，然而为营救乐宏达出狱，舍身将自己嫁给曹化伦。甲午战争，清军赴朝鲜抗敌。乐宏达赶造出十万包“诸葛行军散”，赠送将士，却被药材商人借机抬价，欠下巨款。年关债主逼债，乐宏达借贷无门，愤而变卖祖宅。药材商人得知赠药原因，慨然放弃债权。老店又一次绝处逢生。丫头兰香之父胡七死里逃生，被诬追捕。乐家掩护胡七，却被曹化伦出卖。乐宏达将兰香收为义孙女。在徐瑞珍的撮合下，兰香与乐宏达喜结良缘。八国联军炮轰大栅栏，老店店堂化于一炬。乐宏达命乐宏达、徐瑞珍陪同怀有身孕的兰香逃出京城，为乐家留下后代。小野率日本兵闯入乐家搜取密方，乐宏达〈应该是乐阔海〉以毒酒相酬，与之同归于尽。乐宏达潜回京城，痛不欲生。他找到了爷爷珍藏的秘方药谱，将其藏入乐宏达的棺材。曹化伦有疑，趁夜开棺，徐瑞珍和义伶响九霄设计将曹吓死。老店在废墟上重张，乐宏达却因饱受摧残离别人世。弥留之际，正值他的儿子乐同仁满岁“抓周”。在满桌的官帽、元宝、笔墨、绸缎之间，小同仁却抓起了《同仁堂药典》……

《大清药王》是一部根据真实历史人物——清代名医杨继洲的传记改编的电视剧。该剧以重大历史事件为背景，展现了杨继洲创办湘江医院、研制保命丹等举世闻名的贡献，并揭示了他的苦心经营和为人民负重的一生。

故事发生在19世纪中叶，当时中国社会正处于动荡不安的局势下。杨继洲是一个有着特殊医疗技能的农家子弟。在一次抗击瘟疫的行动中，他展现了卓越的医术并挽救了许多人的性命。他的才华和慈悲心让当地民众对他充满敬佩，让他决定放弃过去的生活，投身于医学救治的事业中。

杨继洲决定创办湘江医院，在这个当时医学封闭的社会中，他努力引进先进的医学知识和设备，推广洋药和手术技术，为人民提供更好的医疗服务。然而，他面临着众多的困难和阻力，包括官僚主义者的打压、财政问题和医学界的敌视等等。

在经过一系列的努力和困难之后，湘江医院终于得以建立，并成为当地首屈一指的医疗机构。杨继洲以他的医术和人道主义作为基础，帮助了大量的病人，受到了社会各界的称赞和赞扬。

然而，随着时间的推移，杨继洲的人生遭遇了许多挑战。他的妻子柯蓉儿被误会为鬼怪而丧命，他被人陷害入狱，湘江医院几度面临危机。但是，杨继洲并没有因为困难而气馁，他坚信自己的信念，一直坚守在救治病人的岗位上。

最终，杨继洲战胜了一切的困难，并将湘江医院培养成一所世界级的医学院。他研发了保命丹，这是一种制剂能够挽救病人的生命。在后来的岁月里，杨继洲被人们称为“大清药王”，他的贡献和坚持为当下的医学事业也起到了巨大的示范作用。

《大清药王》通过杨继洲医疗事业的发展，展示了一个人奋斗和社会进步的过程。他所面临的困难都是现实生活中存在的问题，他的坚定信念和勇气也给予了当下的人们很大的启发。同时，剧中丰富的医学知识和技术也让观众对医疗事业有了更深一层的了解和认识。