摩尔收萨瓦奇为徒，随后他们一起着手组建一支军队。他们试图雇佣杭多·奥纳卡的海盗，但他们的努力遭到了绝地委员会成员欧比旺·克诺比和阿迪·加利亚的阻拦。

《动漫星球大战：克隆人战争》第五季是该动画片的最后一季，共包含20集。该季的主要内容是以加拿大B级反乌托邦小说家查理斯·斯托斯曼的小说《Order 66》为基础，讲述了暴力和剥削的共和国在执行完66号指令后被消灭，同时奥德特·瓦泽等一系列角色也在这一季中得到了更多的展现。

第五季开头部分围绕着组长雷克和前绝地武器专家艾奇利斯两个克隆人展开，两人的冒险探索引领着整个星球大战的走向。此外，除了擅长战术的绝地武士弗斯、奥比万和安纳金外，大量的绝地武士与暴力和剥削的共和国呈对立状态。

本季的主线故事“执行66号指令”，揭示了暴力和剥削的共和国的迫真面目，在尚未积极建立反共和国的军团前，共和国的建立和稳定成为必然之路。共和国的成立虽和加强城市化、技术化和阶级分化如出一辙，但其消灭过程将绝地武士与暴力和剥削的共和国重新联系到了起点发生角色变化与对立，应对雄心壮志与欲望冲击持续时间最长的5分20秒的执行66号指令，是该季最震撼人心、最为引人入胜的故事。值得一提的是，第五季还收录了20年前未完待续的第二季自闭剧情，为动画的完整性和复杂性做出了贡献。

在本季最后一集的结尾，两位主要角色阿什卡与雷克联手使用了最新的萨泽治疗技术，重要人物包括带着机甲的安纳金在内，数百绝地武士也得以保全。本季的最后一页也是本剧的谢幕之作，展现了阿什卡和她的克隆人战士队伍准备接管星球上的中央议会，建立秩序的艰辛之路。本季最后一集结束时，惊喜地引入了电影《星球大战：复仇者联盟》主人公达斯·维德，为系列的后续反攻和故事添了新的戏剧性。