神秘博士再度归来！博士将踏足美国，与Amy和百夫长Rory展开全新征程，等等，还有！River Song，这个神秘莫测的女人将再次回到博士身边，River Song到底是谁？她和博士是什么关系？万众期待的“博士的妻子”一集也将在本季中播出，由科幻大师尼尔·盖曼亲自撰写的该集将会把剧情推向何处？又会揭开博士的哪些秘密？

电视剧《神秘博士》第六季继续讲述了博士（The Doctor）与他的旅伴们在时间与空间中的冒险。这一季博士的旅伴是艾米（Amy Pond）和她的丈夫罗里（Rory）。

第六季开启的剧情是，博士与艾米、罗里一起回到了现代地球，追踪到了一个关于“孩子”的奇怪事件。在调查中，博士发现了一个名叫“幽浮女王”（The Silence）的神秘组织，他们通过洗脑控制人类，并试图创造出一种新的危险生物。为了对抗这个组织，博士与他的伙伴们展开了一场激烈的斗争。

随着剧情的发展，博士发现这个组织与他的过去有着千丝万缕的联系。他从幽浮女王那里得知了自己的一些秘密，包括他是一个宇宙中孤独的时间领主的最后一个化身。为了解开真相，博士开始寻找时间领主的诅咒之河，这个河能够赋予他永生的力量。

在寻找诅咒之河的过程中，博士与他的伙伴们经历了一系列惊险刺激的冒险。他们遇到了邪恶的佩瑞·克里斯康普公司，这个公司企图通过建造一个“可变形时间洞穴”来改变历史。博士及时阻止了他们的阴谋，但在这个过程中，博士付出了巨大的代价：他被迫放弃了自己的永生。

接着，博士与他的伙伴们遭遇了另一个神秘与强大的敌人——电怪（The Silence）。这个种族以控制人类的记忆为生存手段，他们试图在美国的太空探险中改变历史。博士和他的伙伴们忍受了丧失记忆的痛苦，并最终成功地打败了电怪。

最后，博士等人回到了湖底市，那里是博士和艾米之前的经历的起始点。在那里，博士面对了他的未来，让他明白了艾米和罗里的命运：他们将被困在时间河中，将无法再见面。为了保护他们的生活，博士让艾米和罗里永远离开，忍痛告别了他们。

第六季的剧情以博士和他的伙伴们的分离作为终结。虽然他们离开了，但他们的冒险将继续，博士也会一直遵循他的使命，保卫时间与空间的安全。