电视剧《神秘博士》的第五季剧情围绕着博士（The Doctor）和他的伙伴艾米·庞德（Amy Pond）展开。本季共有13集。

第五季的开篇是一集双重特辑，“是谁”和“宇宙失落”。这集为观众引入了新的博士，由马特·史密斯饰演，他成为了第十一任博士。博士带着艾米来到了一个被时间裂缝困扰的小镇，并发现镇上有一只猎人船坠毁，里面携带着一个无法死亡的生物。博士和艾米决定调查这个谜团，并最终找到了某个种族想要关闭裂缝的原因。

接下来的几集中，博士和艾米遭遇了一群名为“裂缝守卫者”的生物，他们试图通过裂缝进入博士的宇宙。博士与艾米通过时间和空间跳跃来躲避追踪，并遇到了一些新的朋友，包括一个名叫温迪博士的迷人商人和一个叫做卡厄斯塔斯（Caecilius）的罗马领袖。

在第四集中，“时钟之炸”的强大力量威胁到了宇宙的存在。与此同时，裂缝变得异常危险，以至于博士决定将艾米送回去时空维度的时间。但是正当博士准备离开时，一只看似孤立无助的独腿怪物从裂缝中爬出，这个怪物自称为战时宇宙警察（War Time Police），他说他有一件事要告诉博士。

在接下来的几集中，博士跟随警察到了一座被时间裂缝控制的云海星球。在这个星球上，博士与他们最后的战斗引发了一个连锁反应，使得时间裂缝变得空洞。为了保护宇宙的平衡，博士不得不选择投入裂缝中，被时间从宇宙中抹除。

在第十二集“被遗忘的博士”中，艾米已经将博士和他们在一起的经历完全忘记，只有一份关于“一度游荡的博士”的相册坚定她的信念。在这一集中，博士卷土重来，艾米被引导回他，并最终解释了他之前的离开。

最后一集“大爆炸之后”的剧情中，博士决心阻止一个名为“沉默”（Silents）的种族统治人类。他们通过操控人类的记忆让人类忘记他们的存在。博士与艾米等人团结一致，最终打败了沉默，并通过全球转播的方式告诉人类沉默的存在。艾米决定留下，与博士继续他们的冒险。

第五季剧情扣人心弦，故事线紧凑，强调了友谊、勇气和时间的重要性。博士和艾米的关系逐渐加深，他们一起对抗各种时间和空间的威胁，为观众创造了一个充满戏剧性和惊喜的冒险故事。