As Rose Tyler embarks upon her first big TARDIS adventure with the newly-regenerated Doctor, they discover a sinister hospital run by strange cat people and run in to two old acquaintances, The Face of Boe and Cassandra.

《神秘博士》第二季共有13集。在本季中，观众将继续跟随第九博士和他的旅伴罗丝·泰勒（Rose Tyler）以及新成为传说中的诺尔人（Time Lord）的博士一起冒险。以下是《神秘博士》第二季的剧情介绍。

第一集：“新的地球”（New Earth）

第九博士和罗丝·泰勒降落在了新的地球，一个即将被处理的星球。在这里，他们遇见了旧朋友博士的另一个转身版本：第十博士。两位博士将首次联手对抗危险的时空病毒和邪恶的辖格。

第二集：“牙和爪”（Tooth and Claw）

第九和第十博士携手对抗一个令人恐惧的嗜血怪兽，这个怪兽突袭苏格兰的布劳侬庄园。当博士和罗丝试图阻止怪物的计划时，他们发现他们在历史中即将面对一个伟大的英雄：维多利亚女王。

第三集：“学校再现”（School Reunion）

第九博士和罗丝发现了一个神秘学校，由一个异形食人族掌控着。其中一个老师，莎拉·简·史密斯（Sarah Jane Smith），是博士久未见面的旅伴。博士、罗丝和莎拉必须一起合作，打败食人族并拯救学生们。

第四集：“冲浪者”（The Girl in the Fireplace）

博士、罗丝和奇特的朋友花木兰来到了一个17世纪的法国宫廷。这里的一部钟表连接着时空，使一个机遇主义者外星生物能在不同时代获取能量。博士必须再次拯救花木兰，并揭示这个外星生物的真正意图。

第五集：“饥饿的地球”（Rise of the Cybermen）

在一个平行宇宙中，博士、罗丝和奇斯（Mickey）遇到了熟悉的敌人：银河帝国，一个由改造成机器人的人类统治的世界。博士必须与一个曾是他敌人的人合作，以阻止银河帝国的统治。

第六集：“战斗的决心”（The Age of Steel）

博士、罗丝、奇斯和一个反抗组织的成员，雅各布，对抗银河帝国的统治。他们试图摧毁一个让人类改造成机器人的设施，并拯救自己的世界。但博士发现他可能不得不作出一些艰难的决定，以保护他所珍爱的。

第七集：“坏狼”（The Idiot's Lantern）

博士和罗丝来到1950年代的伦敦，发现一台神秘的电视机可以吸食人类的思维。随着博士在寻找真相的过程中，罗丝被糟糕的家庭生活和迷失的灵魂所触动。

第八集：“恶魔复苏”（The Impossible Planet）

博士和罗丝到达了消失了千年的宇宙探索队基地，这个基地建立在一个被称为楚塔的行星上。然而，当博士和罗丝陷入这个行星的深渊时，他们面临了解释不了的希望和恐惧。

第九集：“撤离地球”（The Satan Pit）

在楚塔行星的深渊中，博士和罗丝发现了传说中的魔鬼。他们必须与困在深渊中的恐怖力量战斗，并找到回到表面的途径。

第十集：“爱的结界”（Love & Monsters）

该集主要围绕着罗丝和博士的故事，讲述了一个孤独的音乐家马克成立一个奇怪的博物馆，以研究博士和罗丝。这个故事揭示了一个异常迷人的角色——女会计妮诺，和一群名为石化家庭的怪物。

第十一集：“冷血”（Fear Her）

博士和罗丝降落在2012年的伦敦，一场引起了媒体广泛关注的奥运会将在那里举行。然而，博士很快发现，伦敦陷入了一种神秘的恐惧之中——一位小女孩的画笔竟可以将人们变成画中的形象。

第十二集和第十三集：“护送外星人”（Army of Ghosts / Doomsday）

博士和罗丝发现，整个地球都出现了幽灵般的幻影，并且一个神秘的公司声称他们能与死者进行通讯。然而，随着幽灵事件的升级，第九博士和第十博士将要面对一个伤心的分离，同时，博士面临着一个无法抵御的敌人：达尔。

《神秘博士》第二季引人入胜的剧情和精彩的特效，展示了博士一次又一次的冒险故事。观众可以期待每一集中博士在时间和空间中的探索和战斗，以及他与他的旅伴之间的感人关系。