本劇為公共電視台時隔12年，繼《危險心靈》後推出的教育主題戲劇，取材自吳曉樂作家的同名小說，以其中的5篇故事改編為〈媽媽的遙控器〉、〈貓的孩子〉、〈茉莉的最後一天〉、〈孔雀〉與〈必須過動〉五個單元，每單元皆有2集，全劇共10集，並以臺灣少見的詩選劇形式製作。

《你的孩子不是你的孩子》是一部揭示家庭伦理问题的电视剧，该剧共有40集。剧情围绕着主人公李莉和她的儿子小波展开。

李莉是一个年近四十的单亲妈妈，她在年轻时因为各种原因无法与儿子的父亲结婚，所以从小波出生开始就只有她一个人来照顾他。尽管如此，李莉一直竭尽全力给小波创造一个幸福的家庭。

剧集从小波成为了青少年开始，展现了他与李莉之间的矛盾。小波逐渐发现自己与其他孩子的家庭环境不同，无论是从物质条件还是情感上，他都感到一种缺失。他开始变得叛逆和古怪，常常与李莉发生争执。

为了填补感情空缺，小波开始寻找与自己有血缘关系的父亲。通过一系列的调查和搜索，他终于找到了自己的父亲刘云。刘云是一个事业有成的商人，他与小波第一次见面时，产生了一种特殊的情感联系。小波的人生因此发生了翻天覆地的变化。

刘云对小波非常关心和关爱，给予了他一些他曾渴望得到的东西，比如高品质的生活和尊重。小波逐渐开始遗忘李莉的辛勤付出，觉得父亲才是他真正的家人。

与此同时，李莉并不知道小波已经找到了父亲。她对小波的改变感到困惑和无奈，内心充满了失落和挫败感。她开始反思自己在教育孩子方面的错误，试图与小波重建联系。

剧情进一步发展时，小波的真实父母的故事也逐渐被揭开。李莉在年轻时曾是一个广告公司的高级主管，而刘云则是那个公司的年轻职员。两人在工作中有了一段短暂的恋情，但最终因为一系列外界的压力和现实的问题而分道扬镳。

最后，当小波发生了意外时，李莉和刘云才得以真正相认。他们共同面对小波的生命危机，从中感受到了亲情的重要性。通过这次危机，李莉和刘云重新审视了自己的过去，意识到他们都是小波的真正家人，他们需要一起努力来保护和爱护他。

《你的孩子不是你的孩子》通过描绘一个家庭的复杂关系，让观众思考父母与子女之间的纠结和亲情的真谛。这部电视剧提醒人们，在家庭中，爱与责任不应该只是一方的承担，而是要共同努力去维系、坚守和珍惜。