分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。

《钢之炼金术师：香巴拉的征服者》是根据同名漫画改编的动画电影，剧情并非完全忠实于原作漫画，而是以原创故事为主，在保持原作主要人物和世界观的基础上，讲述了一个全新的故事。

电影的故事发生在原作剧情之后，爱德华·艾尔里克和阿尔冯斯·艾尔里克兄弟二人，在寻找贤者之石的旅程中，意外地发现了一个通往另一个世界的入口——一个名为“香巴拉”的平行世界。这个世界与艾尔里克兄弟所处的世界高度相似，但科技水平却远超他们所处的世界，并且拥有更先进的炼金术体系，以及一个强大的军事力量。

在穿越到香巴拉之后，艾尔里克兄弟发现这个世界的科技发展建立在对炼金术的极端应用之上。他们发现这个世界的“炼金术”并非他们所理解的等价交换，而是通过某种神秘的力量，进行更强大的能量转换。而这种力量的来源，与“贤者之石”有着千丝万缕的联系。更重要的是，他们发现这个世界的统治者，掌握着巨大的力量，并试图利用这种力量控制两个世界。

艾德华很快发现自己在这个世界拥有一个与自己非常相似的“影子”——一位名为“阿尔冯斯·海德里希”的军官。这个人物与阿尔冯斯有着几乎一样的外貌，但性格却截然不同，他冷酷、睿智，并且拥有极高的军事才能，是香巴拉世界的核心人物之一。而阿尔冯斯则发现自己对这个世界的熟悉感比艾德华更强烈，好像他曾经在这里生活过。

随着兄弟二人对香巴拉世界了解的加深，他们逐渐发现这个世界的真相：香巴拉并非一个独立存在的平行世界，而是另一个维度，它和他们原本的世界互为镜像。而这个世界的科技和强大的军事力量，都建立在对人类灵魂的残酷剥削之上。他们发现“阿尔冯斯·海德里希”利用了与“贤者之石”相关的技术，企图将两个世界融合，创造一个由他统治的强大帝国。这将导致他们的世界被彻底摧毁，变成香巴拉的附庸。

艾德华和阿尔冯斯必须阻止“阿尔冯斯·海德里希”的计划。他们需要面对强大的军事力量，以及他们自身的困惑和内心挣扎。艾德华必须直面与自己极其相似的“影子”，理解他背后的动机，以及他所做的一切背后隐藏的秘密。而阿尔冯斯则需要在对两个世界的记忆之间寻找答案，并最终决定自己的立场。

最终，在与“阿尔冯斯·海德里希”的激烈对抗中，艾德华兄弟凭借着他们坚定的信念和强大的炼金术技巧，阻止了香巴拉的征服企图。然而，他们也付出了巨大的代价。电影的结尾并没有给出完全清晰的结局，而是留下了许多悬念，暗示着两个世界之间的联系依然存在，以及艾尔里克兄弟未来的挑战。

整个电影围绕着“等价交换”和“人造人”的主题展开，探讨了科技发展与伦理道德之间的冲突，以及人类对力量的渴望和滥用。与原作相比，电影更注重展现宏大的世界观和紧张刺激的剧情，也对人物形象进行了更深刻的挖掘，为观众呈现了一个更具深度和思考性的故事。虽然剧情与原作漫画存在较大差异，但电影成功地创造了一个令人印象深刻的全新故事，延续了原作的精神内核，并为观众带来了一场视觉和精神上的盛宴。