前鉴识官方毅任迎接女儿江晓孟离开观护所，父女俩和从嗜血记者转职基金会公关的徐海茵一同展开新生活，却身陷一连串的死亡事件，方毅任成为头号嫌疑人。案件牵起一起15年前他经手的情杀案，恩师林景瑞的声誉同样遭到质疑，他必须和刑警赵承宽以及法医薛欣宁合作，查明真相还自己清白，否则他将再一次失去与女儿的家。

《谁是被害者》第二季剧情介绍

第一章：死亡列车

侦探方毅任（张孝全饰）和新搭档周晓安（陈以文饰）接手一桩列车杀人案。一名年轻女性李雅君（吴思贤饰）在开往花莲的列车上遭人杀死，她的尸体被肢解并藏在不同的行李箱中。

方毅任和周晓安调查发现，李雅君生前曾与一名神秘男子约会。他们追查到该男子，但发现他已在火车上自杀身亡。随后的调查表明，李雅君的死亡与一起多年前的失踪案有关。

第二章：幽灵航班

方毅任和周晓安调查另一桩奇异案件。一架从台北飞往上海的航班在中途失踪，机上所有人员均下落不明。在飞机残骸中，他们发现了一具无名女尸。

经过调查，他们发现这名女子是李雅君的妹妹李妍君（李沐饰）。李妍君曾因精神疾病住院，而她在失踪前曾向姐姐倾诉过被陌生男子骚扰。

第三章：失忆之谜

方毅任和周晓安继续深入调查。他们发现，李妍君曾被一家名为“光明之家”的疗养院收治。疗养院的负责人苏健华（王识贤饰）态度可疑，似乎隐瞒着什么秘密。

与此同时，一名自称“艾米”（林心如饰）的女子突然出现，声称自己失忆了，并与李妍君失踪有关。她向警方讲述了一个令人震惊的故事，指控苏健华对她进行洗脑和虐待。

第四章：黑暗交易

方毅任和周晓安调查“光明之家”时，发现其背后隐藏着一桩黑暗的器官买卖交易。李雅君和李妍君姐妹俩均是受害者，她们的器官被不法分子盗取。

苏健华被逮捕，但他的同伙仍在逍遥法外。方毅任和周晓安继续追查，发现这起器官买卖案件牵扯到了权势滔天的政界人士和医界高层。

第五章：最终审判

方毅任和周晓安面临重重阻力，但他们决心揭露真相。他们与艾米合作，潜入苏健华的组织，收集证据。

最终，苏健华及其同伙被绳之以法，器官买卖网络被捣毁。李雅君和李妍君姐妹俩的正义得以伸张，而方毅任和周晓安也赢得了正义的胜利。