在旅行的列车上，美雪（铃木杏饰）再次邂逅了金田一（松本润饰），并追随于他。同伴用手中的DV记录着发生的一切。某夜，一个木偶团长不幸被害。案发后，警探发现他原本在车厢里的尸体不翼而飞，于是引起了一阵骚乱。探长决定在一家酒店暂时住下，找寻犯罪嫌疑人，金田一等人也一同前往。后来，根据案情，嫌疑人被锁定在木偶团体成员之中，探长想通过体重以缩小搜查范围。但是，一个女成员的意外死亡，却让金田一发现了隐藏的秘密，并由此揭开了一桩尘封多年的旧案真相……本片根据天树征丸的漫画改编，除上述特别版魔术列车杀人事件外，还包括以下6个事件，分别为幽灵客船杀人事件、法兰西银币杀人事件、黑死蝶杀人事件、速水玲香诱拐杀人事件、魔术的森杀人事件和露西亚人形杀人事件。

《金田一少年事件簿3》是根据日本著名作家横山秀夫创作的侦探小说系列《金田一少年的神秘事件簿》改编而成的电视剧。本剧讲述了高中生侦探金田一一与他的助手小凡，解决了一系列神秘事件的故事。

故事开始，金田一一接到了一个新的委托，那是一个夏日的清晨，他在某间风景怡人的别墅里遇到了一位神秘的女人。这位女子自称为“凤凰”，她请求金田一帮助她解开她的过去。凤凰身上有一段时间无法回忆的记忆缺失，同时她也被人以她母亲的名字威胁，要求她交出一份名为“阿修罗”的文件。

金田一接受了凤凰的委托，并开始调查她的过去。在调查中，金田一发现凤凰曾经是一家酒店的女仆，而酒店是一个有着隐秘交易的地方。而凤凰和酒店的老板之间似乎隐藏着一段不可告人的秘密。在不懈的努力下，金田一渐渐接触到了真相的线索，他发现阿修罗这个文件是关于一个名为“天使之城”的计划，而这个计划涉及到国家领导层的阴谋。

与此同时，凤凰又接到了关于继母谋杀父亲的威胁，她来找金田一寻求帮助。金田一明白，这是一个与“阿修罗”有关联的更加棘手的案件。他在调查中发现，凤凰的继母和阿修罗案件之间存在着密切的关系，而凤凰的继母似乎也是一个有着复杂背景的人物。

随着调查的深入，金田一渐渐意识到，这些案件背后隐藏着一个庞大的阴谋。他不得不与黑社会组织、政府机关和各种势力斗争，在一连串的危险和困境中寻找真相。最终，金田一竭尽全力，揭露了背后阴谋的真相。

《金田一少年事件簿3》是一部扣人心弦的侦探剧，剧情紧凑，充满悬疑和惊险。故事情节跌宕起伏，引人入胜。通过金田一和小凡的努力，每一集都是一个独立的案件，但同时也融入了整个故事的主线。这部电视剧不仅展示了金田一的锐利的推理能力，也探索了人性的复杂性和社会的黑暗面。它深受观众喜爱，成为侦探剧的经典之作。