北高文艺社所属的普通高中女生长门有希，是个偷偷喜欢同社文艺社员阿虚的内向女孩。在好友朝仓凉子的帮助之下，长门有希跟阿虚之间的关系将会有什么样的进展呢？酸酸甜甜的青春校园恋爱喜剧就此展开！

《动漫小长门有希的消失》是由谷口悟朗执导的一部动画电影，改编自涼宮ハルヒシリーズ的小说《消失的长门有希》。故事发生在长门有希的生日。阿笠博士带着未来的自己送给长门一个钟表作为礼物。然而，当方舟在大提琴的演奏结束后开始倒计时，大家惊讶地发现长门忽然消失了。

长门有希的消失使得世界发生了巨大的改变。原来的朝比奈三姐妹和朝比奈佳奈子都不再存在，世界变成了普通的班级。主人公作为学校的一名学生，发现了这个异变并借助更改笔记本的能力来调查。在学生会的资料室里，他发现了一篇奇怪的小说，这就是答案。

小说的作者是朝比奈凉宫，一名学生，她写下了一段奇幻故事，描述自己是个普通的学生，而长门则是一个普通的女孩。这个故事与现实中的大家不同，他们变成了普通人，失去了原本存在的超能力和异变。

主人公试图找到小说的原著者朝比奈凉宫，然而他却不知道如何才能找到她。他再次回到未来，寻找线索，终于在学校旁边的图书馆找到了朝比奈凉宫的名字。然而，要找到她并不容易，因为不仅是不存在的是她，甚至连大家的记忆都消失了。

主人公最终在图书馆找到了一本关于朝比奈凉宫的故事集。在这个世界中，朝比奈凉宫是一个孤独而和蔼的人，爱读书且享受独处。尽管她并不知道自己也是一个作者，但是她的故事影响了世界的改变。

最终，主人公找到了朝比奈凉宫，让她写下了自己的故事，并恢复了原本的世界。在朝比奈凉宫写完故事后，世界重新恢复了原状。长门重新出现，恢复了她的超能力和存在感。

《动漫小长门有希的消失》通过对世界的改变和恢复，表达出了人与世界之间的连接和相互作用的重要性。它呈现了一个揭示人内心深处的故事，以及通过改变行动和选择来创造不同未来的观点。

影片同时强调了人与人之间的关系和友谊的重要性。朝比奈凉宫的消失让大家意识到，与朋友相处是多么珍贵而重要的事情。长门有希作为故事的核心人物，她的消失使得大家都感到了她的重要性，同时也让大家意识到友情的可贵。

通过精彩的剧情和角色塑造，《动漫小长门有希的消失》给观众带来了深刻的思考，并让人们反思人与世界、人与人之间的联系与意义。