三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市，由此引发了严重的惨剧，而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁（Endymion）的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕，上条当麻（阿部敦配音）和茵蒂克丝（井口裕香配音）揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。心怀梦想的亚丽莎经过不断的修业和努力，终于得到了试镜的机会，并有可能在恩底弥翁落成的庆祝活动中演唱。这一晚，当麻、茵蒂克丝和亚丽莎在夜归途中遭到史提尔率领的魔法师们的攻击。而学园都市秩序维持部队的介入，无疑标志着魔法侧和科学侧全面战争即将爆发。亚丽莎的体内究竟隐藏着怎样的力量和秘密……本片根据镰池和马（创作）、灰村清孝（插画）的轻小说改编。

《魔法禁书目录剧场版：恩底弥翁的奇迹》是一部以《魔法禁书目录》轻小说系列为原作的日本动画电影。该剧场版于2013年2月23日在日本上映，由J.C.STAFF制作，电影长度为90分钟。

故事发生在学园都市，一个科技和魔法并行的现代化都市。主要的剧情围绕着原作中的主人公上条当麻和他的同伴御坂美琴展开。

本片的故事背景是学园都市与住民白金街之间的连横大桥，那座格外的大桥并没有被盖上建筑物，而是用各种彩灯装饰着，呈现出一个只有特定时段才能看到的幻想场景。这座大桥，叫做“恩底弥翁”，拥有一种魔力，被认为是能实现世人愿望的神奇之地。

然而，一场剧烈的地震发生后，大桥不见了。一条隐藏的路线取而代之，只有魔法师和继承魔法班的学生才能进入恩底弥翁。然而，在那之中，有着一个秘密，那就是将大桥抢走的人是一个名叫亚玛多的假面组织，他们试图利用魔术科学的力量复活一位巫女，以此来引发全面战争。

上条当麻和美琴得知这个计划后，决定联手一起阻止亚玛多的阴谋。他们经历了一系列的战斗和考验，而这一切都只是为了守护学园都市及其居民的和平。

影片中，观众将看到当麻和美琴之间的深厚友谊，以及他们坚定不移的信念和勇气。同时，观众还能欣赏到精美的画面和逼真的动作场景，在其中感受到故事的紧张和刺激。

总的来说，《魔法禁书目录剧场版：恩底弥翁的奇迹》是一部充满魔幻和冒险的电影，通过扣人心弦的剧情和丰富的动画效果，带领观众进入了一个富有想象力的世界。无论是《魔法禁书目录》的忠实粉丝还是喜欢动画电影的观众都能在这部作品中找到乐趣。