故事发生在不同于现实的异世界中。在这个世界中，所有的人类均拥有被称为守护精灵的动物同伴，这些动物是人类灵魂的具象体现。女主角莱拉·贝拉奎亚成长于英国牛津的约旦学院。在她前往伦敦寻找失踪的朋友罗杰的过程中，莱拉发现一系列儿童失踪事件与神秘物质尘埃有所关联。随着故事展开，她还发现了涉及到阿斯瑞尔勋爵和玛莉莎·库尔特的危险秘密。

《黑暗物质三部曲》第一季的剧情介绍如下：

本剧以《拜尔默》（Northern Lights）这本精彩的小说为基础，讲述了一个跨越多个世界的奇幻历险故事。故事发生在一个类似于我们世界的平行存在的世界中，那里有魔法、巫师和魔兽的存在。

故事的主人公是一名十二岁的女孩莉拉（Lyra），她住在一个牛津大学的学院里，她的叔叔洛德·阿莫里（Lord Asriel）是一位冒险家。莉拉经常和伙伴、一个懒散的智慧口儿的他爱藏在衣兜里的吉布贝尔他的灵兽，一只能与人说话的黄金指南针（Golden Compass）一同探索牛津大学周围的城市。

在一个晚上，莉拉听到了一个关于神秘儿童失踪的秘密。她开始展开了一场冒险，穿越各种未知的事物。她的旅程带领她前往了北方，在那里她遇到了另外一个世界上的小偷威尔（Will），两人成为了彼此之间唯一的伙伴。

在寻找到莉拉的朋友罗杰以及其他被绑架的儿童的道路上，莉拉和威尔征服了一系列艰难险阻，他们伴随着各种各样的角色和生物旅行。他们发现了一个关于儿童绑架和神秘粉尘（Dust）的阴谋。他们证实了在各个世界之间穿梭的人是在利用儿童的邪恶计划。

在一次旅行中，莉拉被绑架到了一个当地的实验室，而威尔为了营救她不得不插手其中。最终，威尔成功拯救了莉拉，并且与莉拉一同回到了他的世界。莉拉和威尔成功合作，为了打败邪恶的势力和拯救被绑架的儿童。

在第一季结束时，莉拉和威尔获得了一本神秘的书，这本书可能是解开所有谜团的关键。他们将会继续他们的旅程，探索更多的世界，揭开更多的秘密。

这部剧以荒诞和危险充满了悬疑和冒险的故事，全力打造了一个跨越多个世界的奇幻历险。通过精彩的剧情和扣人心弦的故事，引发了对跨界冒险、自我发现和对抗邪恶力量的思考。